できるだけnumpyを使うようにしてみます。 [x,y,z]な要素3のリストの扱いがほとんどなので、さほどな気もしますが...

v13.patch

$ cat v13.patch | ( cd rt ; patch -p1 )

$ cd rt

$ ./cg.py eyep=[0,0,0],200,10 sec=10 data_name=poly_n_pyramid name=out/pn_pyramid3 init_sec=5 n=1

  :

wh : 305726/307200(99.5%) : rest 2.81s : 2018/04/01 12:10:05
wh : 307177/307200(99.9%) : rest 0.04s : 2018/04/01 12:10:03
wh : 307200/307200(100.0%) : fin 9m 44.53s

ぱっと見、同じ画像が生成できてる様子? というか、モアベターになってないかい?

v12のとき

wh : 307200/307200(100.0%) : fin 11m 13.93s

だったので

(9*60+44.53) / (11*60+13.93 ) * 100 = 86.73
100 - 86.73 = 13.27

速度的には13.27パーセントの向上です。